Harnoko, Darto and Fibiona, Indra (2021) Kagunan sekar padma: kontinuitas dan perkembangan kesenian tradisional di Yogyakarta awal abad XX. Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan, Direktorat Jenderal Kebudayaan, Balai Pelestarian Nilai Budaya D.I Yogyakarta, Yogyakarta. ISBN 9786237654148

Harnoko, Darto and Fibiona, Indra (2021) Kagunan Sekar Padma : kontinuitas dan perkembangan kesenian tradisional di Yogyakarta awal abad XX. Balai Pelestarian Nilai Budaya D.I. Yogyakarta, Yogyakarta.

Harnoko, Darto and Salamun, Salamun (2016) Biografi Widayat Djiang: sebuah sketsa kehidupan dalang peranakan Tionghoa. Balai Pelestarian Nilai Budaya (BPNB) Yogyakarta, Yogyakarta. ISBN 9789798971594

Harnoko, Darto (2016) Bunga rampai lawatan sejarah regional: menelusuri jejak sejarah maritim di pantai utara Jawa Tengah. Balai Pelestarian Nilai Budaya (BPNB) Yogyakarta, Yogyakarta.

Nurwanti, Yustina Hastrini and Harnoko, Darto and Larasati, Theresiana Ani (2015) Sejarah perkembangan ekonomi dan kebudayaan di banyumas masa Gandasubrata tahun 1913-1942. Balai Pelestarian Nilai Budaya (BPNB) Yogyakarta, Yogyakarta. ISBN 9789798971525

Harnoko, Darto and Astuti, Sri Retno and Nurdiyanto, Nurdiyanto (2014) Rumah kebangsaan Dalem Jayadipuran periode 1900-2014. Balai Pelestarian Nilai Budaya (BPNB) D.I. Yogyakarta, Yogyakarta.

Warouw, J. Nicolaas and Adrianto, Ambar and Harnoko, Darto and Ambrawati, Aprilia and Priyanggono, Aryo and Putu Ayu Amrita Pradnyaswari, Ni and Lisanti Agustini, Bhakti (2012) Inventarisasi komunitas adat Tengger Desa Ngadisari Kecamatan Sukapura Kabupaten Probolinggo Jawa Timur. Balai Pelestarian Nilai Budaya Yogyakarta, Yogyakarta. ISBN 6021727185

Suratmin, Suratmin and Suhatno, Suhatno and Harnoko, Darto (2012) R. Basoeki Abdullah: sebuah biografi dan pengabdiannya dalam bidang seni lukis. Museum Basoeki Abdullah, Jakarta.

Sulistya, V. Agus and Harnoko, Darto and Budiharto, Haris and Setyaningsih, Aryani and Ridlo, Muhammad Rosyid (2009) Laporan hasil pengkajian koleksi diorama pembuatan Selokan Mataram. Project Report. Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta, Yogyakarta.

Harnoko, Darto and Nurwanti, Yustina Hastrini and Twikromo, Y. Argo and Wirawan, A.A. Bagus and Purwaningsih, Ernawati and Munawaroh, Siti and Agusta, Ivanovich and Endraswara, Suwardi and Taryati, Taryati (2008) Jantra: jurnal sejarah dan budaya Vol. III No.6 Desember 2008. Jantra: jurnal sejarah dan budaya, III (6). pp. 391-500. ISSN 19079605

Winarni, Winarni and Sulistya, V. Agus and Harnoko, Darto and Ridlo, Muhammad Rosyid (2008) Laporan Penelitian Koleksi Museum "Peranan Perakitan Senjata Demak Ijo Pada Masa Revolusi Fisik di Yogyakarta". Project Report. Museum Benteng Vredeburg Yogyakarta, Yogyakarta.

Suratmin, Suratmin and Suhatno, Suhatno and Harnoko, Darto (2006) R.Basoeki Abdullah: sebuah biografi dan pegabdiannya dalam bidang seni lukis. Documentation. Museum Basoeki Abdullah, Jakarta.

Suratmin, Suratmin and Suhatno, Suhatno and Harnoko, Darto (2006) R.Basoeki Abdullah: sebuah biografi dan pengabdiannya dalam bidang seni lukis. Museum Basoeki Abdullah, Jakarta.

Nurhajarini, Dwi Ratna and Harnoko, Darto and Astuti, Sri Retno and Albiladiyah, S. Ilmi and Muryantoro, Hisbaron (2005) Kerusuhan sosial di Madura : kasus Waduk Nipah dan ladang garam. Balai Kajian Sejarah dan Nilai Tradisional Yogyakarta, Yogyakarta.

Nurdiyanto, Nurdiyanto and Harnoko, Darto and Astuti, Sri Retno and Muryantoro, Hisbaron and Nurhajarini, Dwi Ratna (2004) Kerusuhan di Pekalongan Jawa Tengah 1995-1999. Balai Kajian Sejarah dan Nilai Tradisional Yogyakarta, Direktorat Jenderal Kebudayaan, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, Yogyakarta.

Tashadi, Tashadi and Harnoko, Darto and Nurdiyanto, Nurdiyanto (2000) Keterlibatan ulama di DIY pada masa perang kemerdekaan periode 1945-1949. Direktorat Jenderal Kebudayaan, Jakarta.

Tashadi, Tashadi and Harnoko, Darto and Suratmin, Suratmin and Suhatno, Suhatno (1999) Tokoh-tokoh pemikiran paham kebangsaan Ir. Soekarno dan K.H. Ahmad Dahlan. Direktorat Sejarah dan Nilai Tradisional, Jakarta. ISBN 9799335035

Tashadi, Tashadi and Harnoko, Darto and Suratman, Suratman (1999) Partisipasi seniman dalam perjuangan kemerdekaan di Propinsi Jawa Timur: studi kasus Kota Surabaya tahun 1945-1949. Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, Jakarta. ISBN 9799335051

Tashadi, Tashadi and Suratmin, Suratmin and Harnoko, Darto and Suhatno, Suhatno (1993) Tokoh-tokoh pemikir paham kebangsaan. Direktorat Jenderal Kebudayaan, Jakarta.

Goenawan, Ryadi and Harnoko, Darto (1993) Sejarah Sosial Daerah Daerah Istemewa Yogyakarta: Mobilitas Sosial DI. Yogyakarta Periode Awal Abad Duapuluhan. Direktorat Jenderal Kebudayaan, Jakarta.

Goenawan, Ryadi and Harnoko, Darto (1993) Sejarah Sosial Daerah: Daerah Istimewa Yogyakarta. Direktorat Jenderal Kebudayaan, Jakarta.

Tashadi, Tashadi and Harnoko, Darto and Suratmin, Suratmin and Muryantoro, Hisbaron (1992) Peranan desa dalam perjuaan kemerdekaan: studi kasus keterlibatan beberapa desa di Daerah Istimewa Yogyakarta periode 1945-1949. Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, Jakarta.

Mumiatmo, Gatut and Rostiyati, Ani and Mudjijono, Mudjijono and Harnoko, Darto (1992) Pengobatan tradisional daerah istimewa yogyakarta. Direktorat Jenderal Kebudayaan, Jakarta.

Supanto, Supanto and Sumintasih, Sumintasih and Harnoko, Darto and Wibowo, H.J. and Sadilah, Emiliana and Muryantoro, Baron (1990) Pola pengasuhan anak secara tradisional Daerah Istimewa Yogyakarta. Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, Jakarta.

Haryono, P. Suryo and Ibrahim, Muchtaruddin and Tashadi, Tashadi and Harnoko, Darto (1987) Monumen perjuangan Daerah Istimewa Yogyakarta. Proyek Inventarisasi dan Dokumentasi Sejarah Nasional, Direktorat Sejarah dan Nilai Tradisional, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, Jakarta.

Tashadi, Tashadi and Harnoko, Darto and Suhatno, Suhatno (1986) Tingkat kesadaran sejarah siswa SMTA dan masyarakat di Kotamadya Yogyakarta. Direktorat sejarah dan Nilai Tradisional, Jakarta.

Harnoko, Darto and B.A., Poliman (1986) Perang kemerdekaan Kebumen tahun 1942-1950. Balai Kajian Sejarah dan Nilai Tradisional Yogyakarta, Yogyakarta.

Harnoko, Darto (1986) Drs. Jap Tjwan Bing : pelopor pembauran. Direktorat Sejarah dan Nilai Tradisional, Jakarta.

Goenawan, Ryadi and Harnoko, Darto (1984) Sejarah sosial daerah Daerah Istimewa Yogyakarta. Direktorat Jenderal Kebudayaan, Yogyakarta.

Alfian, Ibrahim and Darban, Adabi and Harnoko, Darto (1983) Biografi nasional Daerah Istimewa Yogyakarta. Direktorat Nilai Sejarah dan Tradisional, Departemen Pendidikan dan Kebudayaan, Jakarta.

Usmany, Desy Polla and Nuraini, Nuraini and Hasbullah, Hasbullah and Harnoko, Darto and Seno, Seno Dunia Maritim Indonesia dalam Persektif Sejarah. Balai Pelestarian Nilai Budaya, Makassar, xiv-130. ISBN 9789793570969